Jonathan est directeur exécutif de Jewish Voice Ministries International. Il anime une émission de télévision hebdomadaire intitulée Jewish Voice with Jonathan Bernis, qui est diffusée dans tous les États-Unis et à l'étranger. Conférencier recherché, Jonathan enseigne lors de conférences et dans les églises locales du monde entier. Il est un leader éminent du mouvement messianique. Il est également président de l'Alliance chrétienne pour Israël, un ministère qui organise des conférences et des séminaires pro-israéliens afin de rallier le soutien des chrétiens à Israël.