Jonathan ist geschäftsführender Direktor von Jewish Voice Ministries International. Er ist Gastgeber einer wöchentlichen Fernsehsendung mit dem Titel Jewish Voice with Jonathan Bernis, die in den Vereinigten Staaten und im Ausland ausgestrahlt wird. Jonathan Bernis ist ein gefragter Redner, der auf Konferenzen und in Gemeinden weltweit lehrt. Er ist eine prominente Führungspersönlichkeit in der messianischen Bewegung. Außerdem ist er Präsident der Christian Alliance For Israel, einer Organisation, die Konferenzen und Seminare zur Unterstützung Israels durch Christen organisiert.